"Den som får kännedom om att människor bryter mot karantänslagarna är skyldig att anmäla detta. Tag ditt ansvar som medborgare! Ring 112 och meddela omgående all information om brott mot undantagslagarna!" Under natten har en militärjunta tagit makten i landet och nu införs stränga tvångslagar för att bekämpa den pandemi som sätter skräck i befolkningen. När John,15, springer hem den här eftermiddagen är gatorna fulla av militärfordon. Han oroar sig för sina föräldrar som ligger sjuka i sovrummet och han kommer lagom för att se hur de knuffas in i en jeep och förs bort. Redan samma eftermiddag stängs John in bakom elstängsel på den slutna internatskolan Hallbyhov där han blir tilldelad en sovplats bland hundratals andra instängda barn och ungdomar. Han förstår snart att de alla är försökskaniner i Rådets ambition att så snabbt som möjligt hitta botemedel och vaccin för att skydda befolkningen mot den nya smittan. Ganska snart inser han också att om man inte ska brytas ner av injektionerna finns bara en sak att göra: att försöka ta sig därifrån. Tillsammans med den 13-åriga Minna och hennes lillebror Oskar lyckas han med det ingen av de inspärrade ungdomarna klarat förut. Men på andra sidan om Hallbyhovs stängsel upptäcker de att det mesta har upphört att existera. Var finns deras föräldrar? Kommer de någonsin att få träffa dem igen? Och varför är husen de passerar övergivna eller nerbrända? I Johns huvud växer en plan fram: att de på något sätt ska klara sig förbi vägspärrar och drönare och ta sig ut till ön där hans familj har ett hus. Men Minna hostar och blir alltmer labil. Är det injektionerna på Hallbyhov som håller på att knäcka henne? Och finns det verkligen plats för förälskelse när man balanserar på kanten till en avgrund? "Alla försvann vi blev kvar" är en dramatisk berättelse med hög spänningsfaktor om att leva under hot och att söka styrka i nära relationer.