Sagashimono a été vaincu et la vie tranquille a repris son cours... Pour Ôgami, c'est un immense vide. Mais soudain, tous les autres code:breakers tombent d’un seul coup en état de lost alors qu'un typhon géant approche et que la joyeuse bande des camarades de classe débarquent au manoir shibuya... Grosse panique ! Mais tout cela n'est que le prologue de l'arrivée d'un nouvel ennemi...