I Det amfibiska hjärtat placeras vi hundra år tillbaka i tiden, till början av nittonhundratalet. Platsen är ett nordeuropeiskt universitet, där en ung zoolog, T, för anteckningar om sitt liv och sin forskning. ”Allting har kommit ur havet. En dag kan det välja att återvända.” Så skriver T sedan han funnit en gammal plansch på sin institution föreställande ett för honom okänt djur: amfibien. T:s beundrade mentor, professor M, har dragit sig tillbaka och lämnat honom i en allt större isolering och osäkerhet, men den havslevande, dubbelkönade amfibien väcker hans fascination, ja snart en besatthet, och sökandet efter den får honom att resa söderut. Han beger sig först till Vatikanens bibliotek i Rom, där forskningen i äldre zoologiska verk leder honom tillbaka till antiken – men ensamheten och frågorna tätnar, samtidigt som idealbilden av amfibien växer sig allt starkare: en utopisk flockvarelse som inte känner individens avskildhet, en obegränsad androgyn, en gryningens hemliga landstigare, en okänd släkting… Finns amfibierna eller är de en fantasi? Vill de honom något? T:s efterlämnade anteckningar, och ett upphittat ”bestiarium” påbörjat av professor M om allehanda dubbelexistenser, bildar tillsammans en sannskyldig äventyrsberättelse, spännande och sorgsen på samma gång, om längtan efter att förlora sig själv.