Oberschülerin Ryouka Tsurumi wacht eines Tages auf und findet sich allein in ihrem abgeschlossenen Apartment wieder. Sie nimmt mit ihrer sich draußen befindenden Mutter Kontakt auf und erfährt, dass auf dem Dach ein riesiges unbekanntes Lebewesen namens "X" lauert. Es stellt sich heraus, dass Shuuhei, ein Junge aus ihrer Mittelschulzeit, sich ebenfalls im Gebäude aufhält …